I øjeblikket er virksomheden i gang med et forsøg med at køre på biodiesel i tankene. Mollerup Mølle sælger raps fra de nordjyske marker videre til bl.a. Emmelev A/S i Otterup på Fyn, hvor der produceres biodiesel. Fremover sender Emmelev den klimavenlige biodiesel, der uden yderligere bearbejdning eller investering kan hældes direkte i lastbilernes brændstoftank. Dermed erstattes den almindelige diesel produceret på grundlag af olie fra eksempelvis Mellemøsten.